ASCO-GU22围炉夜话 | 深度剖析基于尿液的NGS液态活检基因检测新进展

每当我们提及 “液态活检”,外周血样本及其分离的血浆往往是业内的第一印象,但对于泌尿系统肿瘤患者,尿液是一类采集更加便利、更接近肿瘤原发病灶的液态活检样本类型。

近年来,针对尿液样本的基因检测及相关研究有很大进展。慧渡医疗与上海交通大学附属仁济医院陈海戈教授团队合作,揭示了尿路上皮癌患者的尿液肿瘤DNA(utDNA)与肿瘤组织DNA(tDNA)多维度的一致性,文章发表于国际著名专业期刊The Journal of Urology(点击查看原文)。同时,今年ASCO-GU上,慧渡医疗还发布了基于尿液样本的新一代MRD检测产品-PredicineBEACON™的最新研究成果(点击查看原文)

在此,结合本次2022 ASCO-GU学术会议上的最新报道,和大家一起探讨尿液基因检测的药物和临床实践中应用的最新进展:

 

Abstract 559:Integrative analysis of urine cell-free DNA for the detection of residual disease in localized bladder cancer patients

 

美国华盛顿州大的研究者采用超低通量全基因组测序(ULP-WGS)和深度测序(uCAPP-Seq)分析前肌层浸润性膀胱癌(MIBC)患者的utDNA,结合根治性膀胱切除术(RC)疗效评估尿液utDNA检测的临床应用价值。

本研究纳入了65例BC患者(69%有肌层浸润)RC当天的术前尿液,其中48%的患者在采样前经过了新辅助化疗。研究对65名BC患者和11名作为对照的健康成人的尿液cfDNA进行了ULP-WGS检测。通过生信分析计算患者尿液中全基因组拷贝数改变(CNA),从而估算其utDNA水平。研究在42名患者的尿液cfDNA样本中进行了uCAPP-Seq(panel大小为145kb,涵盖了49个在MIBC中常见突变的肿瘤驱动基因)。

该临床试验中,55%的患者实现了病理学完全响应(pCR,n=36),45%的患者在检测到残留病灶(n=29)。未达到pCR的患者尿液中CNA分数显著高于pCR的患者(中位数8.9% vs 1.8%,p=0.01)和对照健康人群(n=11)(中位数8.9% vs 0%,p=0.006)。基于uCAPP-Seq 的SNV检测也表明utDNA检出阳性与未能达到pCR显著相关(p<0.001),检测敏感性为81%,特异性为81%。此外,与utDNA阴性患者相比,utDNA阳性患者的无进展生存期显著较低(HR=7.4;95%CI:1.4–38.9;p=0.02)。

这些结果表明,MIBC患者尿液的多重方法学分析对部分患者的保留膀胱手术具有潜在的临床意义。

 

Abstract 450:Comprehensive genomic profiling of urine DNA for urothelial carcinoma detection and risk prediction

 

美国麻省总医院和哈佛大学的研究者则更关注与尿路上皮癌(UC)患者的临床诊断和风险分级,重点研究了尿液基因组图谱(uCGP)在非肌层浸润(NMIBC)和肌层浸润性(MIBC)的诊断和临床预后的临床应用。

该研究纳入了来自美国各地9个肿瘤治疗中心的577名UC患者。研究采集了患者的开展膀胱镜检查前的尿液样本,并进行uCGP检测。在所有患者中,152名为UC肿瘤阳性(新发和复发),191名受试者有UC病史(但在膀胱镜检查呈阴性),234名受试者为对照受试者(在没有UC患病指征的情况下接受膀胱镜检查)。基于尿液cfDNA的基因图谱检测采用了涵盖60个基因以及6种变异类型的已获得CLIA认证的LDT检测。基因检测结果通过与临床结果相结合进行算法研究,训练集包括345名,而验证集包括232名患者。

结果显示,99%的UC肿瘤阳性患者检测到一个或多个变异。但69%的UC阴性以及49%的对照组患者中也至少检出一个突变。经过训练和验证,该算法对新发肿瘤诊断的敏感性为93.8%,特异性为89.4%,NPV为98.8%;在有UC病史的患者中,检测到复发肿瘤的PPV为73.5%,敏感性为62.5%,特异性为89.0%。与病理学相比,分子分级预测高级别肿瘤的PPV为90.9%,特异性为96.7%。尿液中TP53突变相对于Ta更集中富集在≥T2肿瘤(P=0.00001)。同时,拷贝数的改变也与肌层浸润、转移的风险增加有关。

这些结果都提示基于尿液的uCGP可能具有帮助疾病分级、复发和进展风险等重要临床应用的潜力。

 

bladder BRIDGister是一项德国本土的专注于膀胱癌的开放式、非介入、多中心、前瞻式临床研究平台。本次ASCO-GU学术会议上,该研究展示了三篇基于尿液样本的膀胱癌最新进展,包括:

Abstract 469:FGFR testing and urine-based risk straticfication from matched tissue and urine samples within the prospective real-world clinicopathological register trial: BRIDGister

 Abstract 471:Prospective validation of urine based FGFR screening by Uromonitor within the real-world clinicopathological register trial BRIDGister.

 Abstract 560:Association of leucocyte levels in urine with tissue PD-L1 status and immune infiltration into basal bladder cancer subtype in the prospective real-world clinicopathological register trial Bladder BRIDGister.

该研究收集患者经尿道膀胱肿瘤切除术(TURB)的组织样本和术前的尿液样本。通过小样本量(39-48例)的前期研究分析尿液检测的临床可行性。已发表的结果显示尿液样本的RNA检测可以用于分析基因融合和拷贝数变异,并与组织检测有很好的一致性。而尿液中白细胞的存在与早期膀胱癌的亚型和免疫细胞浸润密切相关。进一步的研究仍在进行中,并期待其后续的持续报道。

 

尿液作为真正的 “无创” 检测样本,具备完全无创、总量不受限、可连续收集、富含utDNA和utRNA等优势,随着技术和临床研究和临床试验的更多开展,有可能改变泌尿系统肿瘤的临床实践,使更多的患者获益。慧渡医疗新一代utDNA液态活检技术兼具无创伤、高特异性、高灵敏的特点。慧渡医疗将继续与更多的药企、临床专家合作,为泌尿系统肿瘤的无创检测开创更好的未来。

 

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